我園研究人員與黑龍江農(nóng)業(yè)科學(xué)院合作解析大豆GmJAG1新的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序（Motif）

轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序（TF Binding Motif）是轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合到下游基因的一段保守DNA序列，通常為6-10bp長(zhǎng)度，是基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控的重要元件，其突變往往會(huì)改變植物基因組穩(wěn)定性以及轉(zhuǎn)錄因子對(duì)下游基因表達(dá)調(diào)控的能力。

   大豆GmJAG1是著名的QTL（Ln locus）上的一個(gè)關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，控制大豆開(kāi)花、果莢、種子發(fā)育過(guò)程。然而，目前GmJAG1是如何調(diào)控植物體內(nèi)基因表達(dá)，從而最終塑造植物表型的分子機(jī)制目前沒(méi)人報(bào)道，其比較關(guān)鍵的因素在于目前GmJAG1結(jié)合到基因組的DNA上的過(guò)程暫不清楚。為了進(jìn)一步解析GmJAG1結(jié)合的motif，作者利用目前比較廣泛使用的DNA親和純化測(cè)序方法（DAP-seq），對(duì)GmJAG1結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行全基因組分析，并且利用de novo的Motif預(yù)測(cè)方法對(duì)GmJAG1結(jié)合的保守區(qū)域進(jìn)行預(yù)測(cè)，發(fā)現(xiàn)兩個(gè)新的GmJAG1 Motif，分別命名為M1和M2，進(jìn)一步利用EMSA實(shí)驗(yàn)做進(jìn)一步驗(yàn)證。作者同時(shí)利用Motif掃描，預(yù)測(cè)了GmJAG1在大豆全基因組的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。這些發(fā)現(xiàn)，為后續(xù)解析GmJAG1的調(diào)控分子機(jī)制奠定扎實(shí)的工作基礎(chǔ)。

相關(guān)研究以“Identification of the New GmJAG1 Transcription Factor Binding Motifs Using DAP-Seq”，在Plants（中科院2區(qū)，IF 4.4）上發(fā)表。黑龍江農(nóng)業(yè)科學(xué)院大豆研究所所長(zhǎng)王金星為第一作者，江西省、中國(guó)科學(xué)院廬山植物園生物信息學(xué)組胡玉芳為論文通訊作者。文章得到黑龍江科技創(chuàng)新計(jì)劃、江西省自然科學(xué)基金的支持。

（文章鏈接：https://doi.org/10.3390/plants13121708）